Sabah olduğunda Esma hatun ile birlikte iskeleye gidip gece yanan geminin akıbetini yakından görünce facianın boyutu daha iyi anlaşılıyordu. Yanan gemiden geriye su üzerinde yüzen kömür parçalarından başka bir şey kalmamıştı. Kapudan paşanın donanmada tersane kethüdâsı yardımcısı Selim Paşa, tersanede ise bizzat bulunmadığı zamanlarda tersane ağası vekili Mahmud Kemal Paşa hazır bulundu ve incelemeler yaptılar. Kemankeş Mustafa Paşa (1635-1638) tersane işlerinde ve her yıl kırk kadırganın hazır bulundurulması kuralının konması sayesinde yanan geminin yerine yenisi hazırlanmaya başlandı.
Özellikle Küçük Hüseyin (1792-1803) gemi inşa teknolojisinin geliştirilmesinde ve bahriye mühendishanesinin tanziminde önemli rol oynaması da önemlidir.
Kapudan paşalar içinde donanmada düzenlemeler yapan Barbaros Hayreddin Paşa (1534-1546) tersanenin düzenlenmesinde ve Türk kadırgası tipinin oluşturulmasında Güzelce Ali Paşa (1618-1619) eyalete sâlyâneli sancakların ilâvesinde ve gemi donanımlarında, , Köse Ali Paşa (1672-1675) tersane mevcudunun ve tersane ocaklıklarının yeniden düzenlenmesinde, Mezemorta Hüseyin Paşa (1695-1701) bahriye kanunnâmesinin hazırlanmasında etkili oldular.
XVI. yüzyılda kapudanlık genellikle denizcilikle alâkası olanlara verilmekle beraber istisnaları da söz konusu olmuştur. Kapudan paşalığın denizcilikten yetişenlere verilmesi hususundaki kuralların varlığına rağmen bu her zaman mümkün olmadı. Müezzinzâde Ali Paşa (1568-1571) yeniçeri ağalığından, Derviş Mehmed Paşa (1606) bostancıbaşılıktan kapudan oldukları gibi Köse Ali Paşa (1658-1660) sadâret kaymakamlığından, Merzifonlu Kara Mustafa Paşa (1661-1666) Diyarbekir beylerbeyiliğinden, Mezemorta Hüseyin Paşa (1690) Cezayir beylerbeyiliğinden kapudanlığa getirildiler. XVIII. yüzyılda ise mîrî kalyonlar kapudanlığı, kapudâne-i hümâyun ve tersane kethüdâlığı gibi görevlerden kapudan tayin edildi.
Lutfi Paşa, kapudan paşaların görevinin deniz ticareti güvenliğinin sağlanması olduğunu belirtmekte, bu göreve gelecek olanların yaşlı, korsanlık yapmış, deniz işlerinde tecrübeli kimseler arasından seçilmesini tavsiye etmektedir.İnebahtı Deniz Savaşı sonrasında donanma serdarı tayin edilen Kılıç Ali Paşa’nın beratındaki görev tâlimatında sahillerdeki kale ve şehirlerin, denizlerdeki adaların muhafaza edilmesi hatırlatılmış, küffâr, harâmî ve levend gemilerinden gelecek zararı engellemesi istenmiş ve düşman donanmasını dikkatle takip etmesi emredilmişti. Osmanlı donanması bu amaçla her yıl denize açılırdı. Deniz mevsimi geçince kapudan paşa, yanındaki derya beylerine etrafı korumak şartıyla izin vererek kendisi İstanbul’a dönerdi. Kâtib Çelebi, kapudan paşanın bizzat kendisi korsanlıktan yetişmemiş olsa bile denizleri tanıyan ve deniz savaşı hususunda tecrübesi olan korsanlara danışmasını tavsiye etmektedir (Tuhfetü’l-kibâr, s. 159). Kalyon dönemine geçildikten sonra hazırlanan 1113 (1701) tarihli Bahriye Kanunnâmesi’ne göre kapudan paşa bütün derya beylerinin, kapudan, reis ve diğer donanma ricâlinin başbuğu olup derya beylerinin faaliyetlerini denetlemekle sorumlu idi.
Olayın tüm yönleriyle aydınlatılması için zaman daralıyordu. Üstelik Sinan Çavuş, Serhenk Kalender ve Dizdar Kemal Efendi’nin dün akşam gerçekleşen meşum hadiseden sonra Navarin'de olup olmadığını da bilmiyorduk.Yanıp küle dönen gemideki mallar da yandığı için gizli birşey olup olmadığı da belli değildi.İlk kez bu kadar terslik peşi sıra yaşanıyordu. Esmahatun, limana gelirken kasabadaki kadınların çeşme başında toplanıp gizli birşeyler konuştuklarına şahit oldu.Onların yanına yaklaştığında ise Rumca bilenler konuşmayı sürdürüyordu Esmahatun'un rumca bileceği belki de akılların ucundan bile geçmiyordu. Sıska olan kadın:
-Dün gece limandaki geminin yanması da üç herifin işi olmalı dedi.
Güleç yüzlü onu tasdik eder gibi başını salar gibi yaptı ve devam etti:
Geçen haftaki sahile vuran kadın cesedi de onların işi olmalı. Bu herifler geldi geleli Navarin'de huzur kalmadı. Şimdi de Rum eşkıyalarının geleceği ve bütün Müslüman Türkleri öldürüp buraları ele geçirecekleri haberi dolaşıyor.
Esma hatun onların yanından ayırdığı vakit işlerin çığırından çoktan çıktığını hissediyordu.